Owncloud geht sehr großzügig mit gelöschten Dateien um. Die werden in einen Papierkorb-Ordner verschoben und normalerwise nur dann gelöscht, wenn Speicherplatz knapp wird.
Man kann aber einen oder alle Papierkorb-Ordner von der Konsole aus löschen:
sudo -u wwwrun php occ trashbin:cleanup user
für einen bestimmten User oder
sudo -u wwwrun php occ trashbin:cleanup
für alle User.
Der Befehl occ ist im Wurzelverzeichnis der Installation zu finden.